Naše činnost podléhá kontrole vlády a parlamentu. Stávající zákonná úprava ovšem nepředpokládá existenci zvláštního parlamentního výboru pro kontrolu ÚZSI. Poslanecká sněmovna Parlamentu ČR proto může naši činnost kontrolovat standardními nástroji kontroly exekutivní moci, jakými jsou například interpelace jednotlivých členů vlády, v našem případě ministra vnitra. Velmi důležitá je také neformální kontrolní role sdělovacích prostředků. Uvnitř služby kromě toho uplatňujeme vnitřní kontrolní mechanismy.